Na Europa do século XVI, a Igreja Católica era muito importante para os países europeus. Contudo, quando surgiu o pensamento Humanista, a Igreja começou a ser bastante criticada, em particular devido ao ambiente de luxo e materialismo em que vivia o alto clero, que tinha feito um voto de pobreza. Por outro lado, apesar do voto de celibato, muitos membros do clero, incluindo o Papa, tinham esposas, amantes e até filhos.
Algumas pessoas não concordavam com a simonia (= venalidade dos cargos eclesiásticos = a compra dos cargos do clero). Devido a este acto, muitos filhos de nobres estavam entre o clero sem vocação para tal, atribuindo maior importância ao poder temporal (poder dos reis: guerras, caçadas e festas) do que ao poder espiritual (poder do clero).
Sem dinheiro, devido às guerras iniciadas pelos Papas anteriores, a Igreja, liderada pelo Papa Leão X, criou as bulas de indulgências, que consistiam em cartas que libertavam do Purgatório as almas a quem estavam dirigidas. O dinheiro das esmolas foi usado para construir a Basílica de S. Pedro, uma reafirmação da importância da fé cristã.
Martinho Lutero, um monge alemão, criticou esta nova iniciativa do Vaticano, argumentando que a entrada para o Céu não dependia de uma bula de indulgência paga com dinheiro, mas sim da fé das pessoas. Para divulgar a sua opinião, Martinho Lutero escreveu as 95 teses contra as indulgências. Mais tarde, discordando da relutância da Igreja em permitir que o povo interpretasse as Sagradas Escrituras, redigidas em Latim e manuseadas somente pelo clero, traduziu o Livro Sagrado para Alemão, recorrendo à imprensa inventada por Gutenberg para distribuir cópias.*
Todas estas ideias de Lutero fizeram surgir uma nova vertente do Cristianismo a que se chamou Protestantismo.
*Os actos de Lutero levaram-no a ser excomungado e perseguido pela Inquisição, que visava submetê-lo à morte por fogueira e de quem foi salvo pelos príncipes alemães
Para travar o
reformismo, a Igreja Católica iniciou um movimento de combate às novas ideias e renovação interna. Em 1539, Inácio de Loyola criou a Companhia de Jesus, cujos membros, Jesuítas, se didicavam à missionação, à pregação e ao ensino em colégios e universidades, constituindo uma importante barreira contra o avanço da reforma protestante.
Para decidir como proceder face ao protestantismo, os altos membros do clero reuniram-se no Concílio de Trento (que durou 18 anos) para analisarem as críticas reformistas. A Igreja não aceitou grande parte das propostas de mudança, pelo que reafirmou todos os dogmas da fé católica. Procurou apenas reformar a organização da igreja e os seus costumes, conservando o celibato obrigatório e impondo uma disciplina mais severa.
Como muitas críticas à igreja Católica eram feitas através de livros, formou-se uma comissão que os censurava e fez-se um catálogo de livros proibidos (que os católicos não podiam ler, sob a pena de excomunhão), a que se chamou Index.
Para condenar todos aqueles que eram contra as ideias Católicas, foi restaurado um tribunal religioso, a Inquisição, que os vigiava, perseguia e condenava, usando a tortura para obter a sua confissão. Em Espanha, os reis reactivaram a Inquisição, que foi extremamente violenta para com os suspeitos de prática de outras religiões que não a católica, e expulsou todos os judeus dos seus territórios.Aproveitando-se desta situação, os portugueses abriram fronteiras aos judeus, na esperança de que pudessem lucrar com a chegada daqueles burgueses. No entanto, no reinado de D. Manuel I, para que este casasse com a princesa espanhola, foi publicada uma lei que expulsava todos os judeus com 14 ou mais anos. Os restantes deveriam ser baptizados à força e seriam chamados cristãos-novos.
No reinado de D. João III, foi introduzida a Inquisição em Portugal (1536). Tinha três sedes: Évora, Coimbra, Lisboa.